Die positiven Seiten eines CMS - alles ist auf der gesamten Site schnell änderbar - können zu erheblichen Schwierigkeiten führen, wenn Abweichungen der einmal definierten Struktur erforderlich werden.

Oft funktioniert die Unterbringung der "einmaligen Abweichung", z. B. das Einstellen eines neuen Templates durch einen work around, obwohl das System strukturell gar nicht richtig ist, aber nicht weiter auffällt. Problematisch wird es dann, wenn zuviele Abweichungen von der "Norm" erfolgen - dann ist die Struktur schließlich nicht mehr wartbar, die Grundlage ist nicht mehr erkennbar und die "gerade 'mal so hinprogrammierten" Abweichungen stören erheblich wenn eine Generaländerung vorgenommen wird.

Flexibilität ist möglich, wenn sie im Rahmen der Ursprungsprogrammierung eingebaut ist. Sie wird sehr umständlich, wenn sie zu viele Abweichungen von der grundsätzlichen Datenbankstruktur erfordert. Dies ist leider häufiger der Fall als von vornherein angenommen, da nicht alle Anforderungen, die im Laufe eines Site-Lebens gestellt werden, antizipiert werden können.